En 1914, la grande guerre éclate. Les pilotes, « inscrits maritimes non disponibles », n’ont plus le libre exercice de leur profession et se trouvent contraints d’abandonner le large pour travailler aux abords immédiats du port. Les 36 cotres que comptait le port sont désarmés car inadaptés au travail sur rade. Le « chacun pour soi » est abandonné, les pilotes pratiquent dorénavant un pilotage rapproché et travaillent au tour de liste pour les sorties et les entrées. Pour le service des pilotes, deux vapeurs et quelques cotres sont réquisitionnés par l’amirauté. En 1916, la communauté des pilotes de la station acquiert son premier vapeur ; l’Iliona. A la sortie de la guerre, ce nouveau mode de fonctionnement perdure.

A la suite de l’assemblée générale du 17 novembre 1921, le pavillon blanc dans lequel figure une ancre noire est remplacé par un pavillon vert avec ancre blanche.

Le 1er juin 1923, l’Iliona est remplacé par le vapeur Hermann du Pasquier. En 1924, le vapeur Quatre frères Biard vient compléter le matériel.

Le 28 mars 1928, la nouvelle loi sur le pilotage maritime est adoptée. Conclusion juridique des différentes réformes mises en place progressivement dans les ports depuis le début de la guerre 14-18, elle traite en particulier de l’obligation de pilotage et du recrutement des pilotes. Elle met en harmonie les réglementations diverses sur les salaires, le matériel … Le premier fruit de ce nouveau texte se traduit pour les Havrais par l’acquisition en janvier 1933 du navire neuf Louis Brindeau en remplacement du vieux Hermann du Pasquier. Le Havre de Grâce remplace en mai 1936 le Quatre frères Biard.

En juin 1937, les pilotes renoncent à l’exploitation du lamanage.

A la veille de la seconde guerre mondiale, la station voit son avenir avec confiance : le trafic est bon, l’effectif de 48 pilotes correspond aux besoins et les bateaux récents sont bien adaptés aux exigences du service. Cette situation favorable est bouleversée par la guerre et la débâcle de juin 1940. L’économie de la station est menacée, les effectifs sont réduits de 50% à la fin des hostilités (décès, maladie, retraite, mobilisation), le matériel a quasiment disparu (le Havre de Grâce et le Louis Brindeau d’abord réquisitionnés ont quitté la France et sont retrouvés très endommagés à la fin de la guerre), les rémunérations des pilotes ainsi que les retraites ne sont plus versées faute de recettes jusqu’en mai 1941. Soumise au gouvernement de Vichy, la station évite cependant la collaboration. En 1950, la station reçoit la croix de guerre 1939-1945.

La libération de 1944 est l’occasion d’un nouveau départ. Malgré des conditions de travail difficiles, les pilotes se mettent à la disposition des alliés et contribuent à la renaissance du port.

Le Havre de Grâce I est remis en service en 1947. Il est rapidement suivi du Louis Brindeau. Le Havre de Grâce I est cependant remplacé en 1958 par le navire neuf Françoise de grâce. Ce dernier restera à la station jusqu’en 1968, alors remplacé par le Havre de grâce III. Le Louis Brindeau est aussi retiré du service la même année.

En 1969, le décret du 19 mai 1969 met un terme à la vieille pratique du pilote de choix. Celle-ci était un sujet de discorde car contraire à l’esprit collectif et à l’intérêt général.